El procedimiento disciplinario se regula por el Capitulo IV del Reglamento Interno del Tribunal Universitario y se desarrolla por las siguientes etapas o fases: 

1. El Tribunal conocerá del asunto a partir de la recepción del expediente que le turne el Secretario del H. Consejo Universitario. 

2. El Tribunal Universitario se encuentra facultado para integrar e instruir los expedientes sobre los casos que le sean turnados, en los plazos establecidos en el presente reglamento. En los casos de remociones de Directores, se seguirá el procedimiento previsto en el presente reglamento. El Presidente, al conocer el turno, deberá en el término de tres días hábiles, convocar a los miembros del Tribunal para que se inicien las sesiones. 

3. El Tribunal posterior al conocimiento del asunto, levantará acta en donde se hará constar si es competente para su conocimiento tomando en consideración los elementos aportados. En caso de que no se encontraren elementos para su intervención se devolverá el expediente al Secretario del H. Consejo Universitario, con la razón respectiva. 

4. El Tribunal oirá a las partes en el procedimiento en la forma y términos que se fije para tal efecto. Del acta de inicio del procedimiento se dará vista a los interesados, citándolos el día y hora que se señale comparezcan a una audiencia en la que producirán su contestación, ofrezcan y desahoguen las pruebas que tuvieren, aleguen y manifiesten lo que a sus intereses convenga, lo que podrán hacer en forma verbal o escrita. Las partes pueden acudir a la audiencia acompañados de abogado o persona de su confianza para que los asista a las diligencias y audiencias que cite el Tribunal. 

5. Son admisibles todos los medios de prueba, excepto las que sean contrarias a la moral y al derecho, así como la confesional de posiciones a cargo de funcionarios de la Institución. Las pruebas deben presentarse previamente o en la etapa correspondiente dentro de la audiencia. Para las pruebas que no se puedan desahogar, la parte interesada deberá señalar el lugar donde se encuentren y la imposibilidad de presentarlas personalmente. 

6. Reunido y desahogado el material probatorio, se concederá a los interesados el término de veinticuatro horas para que aleguen de buena prueba. 

7. El Tribunal apreciará libremente las pruebas, a verdad sabida y buena fe guardada; exponiendo las razones de su determinación. 

8. La determinación a la que llegue el Tribunal, habiendo considerado lo manifestado por las partes, las pruebas ofrecidas, los alegatos vertidos y lo establecido en la legislación universitaria aplicable, se le denominará Dictamen, el cual se propondrá al Pleno del H. Consejo Universitario para su discusión y aprobación. 

9. Una vez emitido el dictamen, el Tribunal lo turnará dentro del término de tres días hábiles al Secretario del H. Consejo Universitario para que lo ponga a consideración del Pleno del mismo.